Н.Н.Афонин - автор вышедших в издательстве "Гангут" в серии "Мидель-шпангоут" монографий "Миноносцы российского флота" (в соавторстве с В.В.Яровым), "Лидер "Ташкент"", "Миноносец "Сокол" и "соколы"", "Эскадренные миноносцы типа "Изяслав"", "Французские "торпиллеры" в русском флоте" и "Канонерские лодки типов "Сивуч" и "Грозящий"", "Эскадренные миноносцы типов "Касатка" и "Инженер-механик Зверев"", "Порт-Артурские миноносцы "Боевой" и "Лейтенант Бураков"", а также большого числа статей по истории отечественного флота и судостроения, опубликованных в журнале "Судостроение", "Морском историческом сборнике", сборнике "Гангут" и в таких изданиях, как "Морская коллекция" и "Корабли и сражения". Кроме того, под его общей редакцией вышло несколько выпусков серии "Стапель", подготовленных издательско-торговым домом "ЛеКо".