Agmatin ist eine Guanidin-Verbindung. Es ist das Decarboxylierungs-Produkt der Aminosaure Arginin und ein Intermediat in der besonders in Pflanzen verbreiteten Putrescin-Biosynthese aus Arginin. Agmatin wird als putativer Neurotransmitter diskutiert, der im Gehirn synthetisiert und in den synaptischen Vesikeln gespeichert wird. Naturliche Vorkommen sind aus Mutterkorn, der Asteraceae Ambrosia artemisifolia, der Seeanemone Anthopleura japonica und Heringssamen bekannt.

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