Рассмотрены элементы, образующие национальную систему технологического прогнозирования в Российской Федерации, а также методология и инструментарий составления долгосрочных прогнозов. Приведены примеры научных направлений, выделенных в качестве приоритетов развития прикладной науки в РФ, создающие риск неэффективного расходования государственных средств ввиду низкого потенциала индустриализации и некорректной оценки конкурентоспособности национальных научных заделов. Проанализирован генезис проблем технологического прогнозирования в РФ, выраженный в смешении функций, задач, методологий и инструментария трех ключевых элементов: долгосрочного прогноза, научно-технологического мониторинга и научно-технологической экспертизы. Предложена методология актуализации приоритетов РФ на основе научно-технологического мониторинга. Полученные результаты могут быть использованы для разработки модели администрирования проектов по приоритетным и критическим направлениям развития прикладной науки.