Alexander Emanuel Agassiz (* 17. Dezember 1835 in Neuchatel/Schweiz; † 23. Marz 1910 auf der Adriatic (II) der Vereinigten Staaten auf dem Weg von Southampton nach New York) war ein schweizerisch-amerikanischer Geologe und Anatom. Er war Professor fur Zoologie an der Harvard University and Direktor des Museum of Comparative Zoology, heute als Louis Agassiz Museum of Comparative Zoology bezeichnet. Er ist der Sohn von Louis Agassiz und Stiefsohn von Elizabeth Cary Agassiz.

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