В данной статье приведены результаты эконометрического исследования системы управления природными водными ресурсами на примере участка реки Исеть (Свердловская область). Продемонстрирован низкий уровень эффективности этой системы в рассматриваемый период и обоснованы основные пути ее совершенствования.