Противостояние извечных врагов — Братства Ассасинов и Ордена Тамплиеров — выходит на новый виток. Главным призом в этой смертельно опасной гонке может стать судьба всей цивилизации.

Когда Дезмонда Майлза отзывают по важному делу, в игру вступает опытный оперативник Джонатан Хоук. Именно ему предстоит найти предателя в рядах Братства, но главное — обнаружить местонахождение могущественного артефакта, известного как Скипетр Асет. Для этого Хоук должен окунуться в прошлое своего предка, опытного ассасина Эль-Какра, жившего в Египте XIV века.

Тем временем в подземельях "Абстерго" тамплиеры собираются ввести в игру свой очередной козырь, способный существенно изменить баланс сил. Но что, если далеко не все члены Ордена способны играть такими картами?