Определитель содержит ключи для идентификации основных групп зоопланктона (Cladocera, Copepoda, Phyllopoda, Rotatoria) и макрозообентоса (Insecta, Gastropoda, Bivalvia, Malacostraca, Hirudinea, Oligoehaeta), таблицы для определения типов и классов пресноводных беспозвоночных, краткое описание методов сбора и обработки проб планктона и бентоса, ряд методов биоиндикации качества воды, список определителей пресноводных беспозвоночных России, номограммы для определения массы тела планктонных ракообразных. Уровень определения варьирует в разных таксономических группах в зависимости от значения и сложности каждой группы; для большей части животных определение доводится до рода.
В третьем издании дополнены разделы по личинкам поденок, жуков и двукрылых, а также исправлен ряд мелких неточностей.