В работе рассмотрены различные способы сравнения исполняемых файлов на основании их структуры, проанализированы их достоинства и недостатки. Предложен способ сравнения, отличающийся от разработанных ранее с использованием блоков переменного размера для описания файла и мерой расчета степени подобия. Экспериментально доказано превосходство предложенного способа в сравнении с существующими.