В статье предложена методика интегральной оценки, мониторинга и анализа качества и степени экологической устойчивости окружающей среды региона, основанная на идеологии факторного анализа. Демонстрируется реализация этой методики на данных 1990-2005 гг., характеризующих Республику Марий Эл. Результаты использования методики позволяют исследовать динамику интегрального экологического индикатора (интегральных индикаторов), выявлять проблемные области, определять ключевые направления совершенствования экологической политики региона, строить прогноз экологической ситуации.