Иван был первым сыном царя Василия III от второй жены, после долгих лет бездетности царя. Родившись 25 августа, он получил имя Иван в честь святого Иоанна Предтечи, день Усекновения главы которого приходится на 29 августа. Был крещён в Троицком монастыре игуменом Иоасафом.