Статья посвящена возможности применения когнитивных моделей для обработки текста при решении задачи создания проблемно ориентированной базы данных. Приведена обобщенная схема когнитивного моделирования информационного обеспечения систем построения молекулярно-биологических баз знаний. Рассмотрено создание проблемно ориентированной базы данных с разделением элементов по кластерам.