Кроме естественно-научных исследований, Геккель активно занимался разработкой философских доктрин монизма, а также был создателем Лиги монистов, которая просуществовала до 1933 года.

«Первая мировая война» — этот термин, обозначающий тяжелейшее испытание, которое выпало на долю народов нашей планеты, также принадлежит Эрнесту Геккелю. Это словосочетание он употребил в самом начале бойни в 1914 году. И вскоре оно стало использоваться для официального названия конфликта.Кроме научной деятельности, Геккель был прекрасным художником-иллюстратором. Одной из наиболее известных его работ является альбом «Красота форм в природе» (Kunstformen der Natur). Она публиковалась с 1899 по 1904 год в виде комплектов по 10 листов-оттисков. Полная же версия из 100 оттисков вышла в свет в 1904 году. Второе издание 1924 года содержало лишь 30 рисунков.

Большая часть организмов, изображенных в книге, были описаны самим Эрнестом Геккелем. Было изготовлено около 1000 гравюр, в основу которых легли эскизы и зарисовки Геккеля. Для альбома из них были выбраны лучшие. И действительно, совершенство форм животного мира поражает воображение. Идеально симметричные медузы и микроорганизмы, детально прорисованные рыбы и аммониты, замысловатые актинии и сифонофоры — уникальные создания природы — служат вдохновением и в свое время оказали влияние на многих представителей архитектуры и искусства.

Геккелем было выдвинуто множество теорий, многие из которых впоследствии были опровергнуты или не доказаны. Однако это ни в коей мере не умаляет его научных заслуг. Его имя вписано большими буквами в историю и достижения естественных наук.