Прошло пятнадцать долгих лет с тех пор, как Джанни Даккар впервые попыталась сбежать от наследия своего умирающего отца, но в итоге смирилась со своей судьбой стать новым Немо – капитаном легендарного «Наутилуса». Теперь на дворе 1925 год, и Джанни, устав от непрерывного разбоя, отправляется в экспедицию с целью превзойти величайшую неудачу отца и изучить-таки Антарктику. Но по её замёрзшим следам идут трое гениальных изобретателей, которых нанял влиятельный издатель, чтобы вернуть украденные ценности африканской королевы. Наступил 1941 год, и пираты Джанни, стратегически выдавшей свою дочь за сына воздушного воителя Жана Робура, очень редко сталкиваются с военной машиной германо-томанского клоуна-диктатора Аденоида Хинкеля. Но когда королева пиратов узнаёт, что её любимых людей держат в заложниках в кошмарном Берлине, у неё не остаётся иного выбора, кроме как вмешаться лично и отправиться в чрево жуткого метрополиса в компании стареющего мужа Джека Широкой Стрелы. В 1975 году Джанни Даккар, королеве пиратов острова Линкольна и главе легендарной династии Немо, восемьдесят лет, и она начинает всё хуже осознавать реальность. В погоне за тенями прошлого – или собственного воображения – она отправляется в поход по необъятной Амазонке, чтобы в последний раз попытаться упокоить кровавых духов прошлого.