Излагается теория принятия решений в организационных системах со сложной структурой в условиях конфликта и неопределенности. Приводится обзор современного состояния теории. Изучаются системы: иерархические, коалиционные и коалиционно-иерархические (гибридные). Основное внимание в процессе конструирования математических моделей систем уделяется описанию способов информационного взаимодействия лиц, принимающих решения. При этом учитываются варианты их неблагожелательного (конфликтного) и благожелательного "настроя" друг к другу. Предлагается два подхода к принятию решений: принятие решений с точки зрения выделенного участника системы на основе метода штрафных функций и получение необходимых условий оптимальности; принятие решений в форме равновесий на основе специальных принципов оптимальности, сконструированных с использованием принципов Нэша, Парето, Джоффриона, Штакельберга, Слейтера, угроз-контругроз, абсолютного активного равновесия и получение достаточных условий оптимальности. Теоретические результаты иллюстрируются модельными примерами. Для научных работников, аспирантов и студентов, занимающихся теоретическими и практическими вопросами принятия решений в сложных системах.