Трагедия людей, попавших в жернова тоталитаризма, показана глазами шестилетнего мальчика Малика. Именно его довольно остроумные комментарии о беспокойных событиях в Сараево задают тон трагикомедии. Малик видит, как его отец Меса (Мики Манойлович) постоянно уезжает в командировки, но он не знает пока, что отец и есть тот грубый и похотливый «бабник», из-за которого страдает мать. Судьба наносит удар, когда одна из подружек отца в приступе ревности доносит на своего любовника местной полиции. Месу ночью арестовывают и отправляют на соленые шахты. Из-за чего его жене Сене приходится пережить три жутких, полных горя и нищеты года, зарабатывая на жизнь шитьем.
Как в фильме «Помнишь ли Долли Белл?», в снятой вновь по сценарию Абдулы Сидрана ленте «Папа в командировке» Эмир Кустурица счастливо минует ловушки ретро-сентиментальности или издевательской иронии в рассказе о недавнем прошлом, не всегда приятном и радостном. Он не ощущает ни ностальгии, ни жалости, ни тем более презрения к «славным пятидесятым», предзакатным годам государственного террора имени товарищей Сталина и Тито, к недолгому периоду «оттепели» на рубеже 50-60-х годов, благословенному свыше временномупосллаблению в политике и нравах. От быта и истории режиссер предпочитает уносится будто в надмирные сферы, даже если этот отрыв от реальности по-детски забавен, мил и наивен, как фантазии Малика.