Это новый мир для Черепашек... Команда разбита, и Рафаэль вынужден скитаться по улицам Нью-Йорка в поисках еды и крыши над головой. Его братья продолжают поиски вместе с учителем Сплинтером, но единственное что они находят, - это неприятности во главе с котом-мутантом Старым Бесом и его бандой. И пока раскрывается тайна прошлого черепашьей семьи, их будущее находится под угрозой!