Механизм финансирования экологически значимых мероприятий, сложившийся в 90-х гг. XX в., упразднен. С 2000 г. ведутся непрерывные попытки выработки алгоритма бюджетного финансирования в указанной сфере общественных отношений. В 90-е гг. система финансирования была относительно четкой и слаженной, существовали экологические фонды, как бюджетные, так и внебюджетные, фонды воспроизводства отдельных природных ресурсов, отчисления от налогов и сборов, как и большинство природоресурсных платежей, носили целевой характер и были источниками финансирования природоохранных мероприятий. С введением в действие нового Бюджетного кодекса РФ старая система была разрушена. Можно сказать, что на сегодняшний день не сложилось целостной, прозрачной, логически выверенной системы финансирования исследуемой сферы отношений. В настоящее время для финансирования охраны окружающей среды и природопользования используется большинство известных финансовых инструментов, таких как собственные средства бюджетов всех уровней власти для финансирования расходных полномочий РФ, ее субъектов и органов местного самоуправления; межбюджетные трансферты – субсидии, субвенции, дотации, инвестиции; бюджетные кредиты, а также различные виды программ. Каждый из вышеназванных инструментов финансирования имеет недостатки как с точки зрения правового регулирования, так и с позиции правоприменения. Законодательство приведено по состоянию на январь 2016 года.