Среди моряков широко распространена легенда о вечно странствующем по морям корабле с мертвым экипажем — Летучем Голландце. Немецкая сумбарина с таким же названием во время Великой Отечественной войны выполняла секретные задания гитлеровского командования. В узких заливах и протоках Балтийского моря командиру советского торпедного катера Борису Шубину пришлось наяву столкнуться с таинственной подводной лодкой без опознавательных знаков. Охотясь за этим «призраком», он узнает о секретном фарватере и страшных тайнах Третьего рейха.