Родилась в Ленинграде, окончила Ленинградский университет. По образованию — филолог, журналист. Долго жила и работала в Сибири. В детстве перенесла все 900 дней ленинградской блокады. Об этом написала повесть «Хлеб той зимы» (впервые издана в Новосибирске, впоследствии переиздана в Санкт-Петербурге, переведена на несколько иностранных языков). Повесть «Сопредельность» — о жизни интернациональной (русско-латышской) семьи удостоена премии имени Гоголя Санкт-Петербургского литературного фестиваля (2005). Писала также рассказы, пьесы, стихи. Член Союза писателей Санкт-Петербурга.

Рисовала с детства. Особенно активно — с 1989 года. Выставки ее графики прошли в Петербурге, Новгороде, Пскове, в Крыму, в Швейцарии, Японии, США, Болгарии, Швеции. Работы Эллы Фоняковой находятся во многих частных коллекциях в России и за рубежом.