В первые годы существования Кирилло-Белозерского музея его фонды комплектовались главным образом памятниками, поступившими из храмов и монастырей города Кириллова и его окрестностей, закрытых после обрушившихся на страну революционных событий. Основой коллекций стали превосходные образцы иконописного и декоративно-прикладного искусства, хранившиеся в храмах и ризницах прославленных северных монастырей, оставивших заметный след в истории страны, способствовавших духовному и культурному развитию Белозерского края. Такими являлись Кирилло-Белозерский и Ферапонтов монастыри, основанные в конце XIV века московскими монахами Кириллом и Ферапонтом, учениками прп. Сергия Радонежского, Нило-Сорская пустынь — первый русский скит, устроенный в конце XV века прп. Нилом Сорским, и Воскресенский женский монастырь в Горицах, основание которого принято относить к 1544 году, связывая это событие с возведением на средства опальной княгини Ефросиньи Старицкой каменного Воскресенского собора. В последующие годы музейные коллекции существенно пополнились благодаря его собирательской деятельности. В настоящее время музей обладает интереснейшим собранием, в составе которого находятся известные во всем мире шедевры древнерусского искусства.