Действие нового тома приключений капитана Кирка и его команды происходит сразу после событий второго фильма обновленной серии «Star Trek». Хан повержен, «Энтерпрайз» вот-вот отправится на пятилетнее задание, но в далеких глубинах космоса поднимает голову новая угроза безопасности Федерации.