Потребность в подготовке новой редакции Таможенного кодекса Российской Федерации продиктована практическими проблемами развития экономики и внешней торговли России, постепенным накоплением наработок в правовой базе деятельности таможенной службы, отставанием законодательства в сфере таможенного дела от значительно обновившегося в целом федерального законодательства и от ушедшего далеко вперед международно-правового обеспечения таможенного регулирования.
Из Таможенного кодекса исключены положеция об административных правонарушениях и ответственности за нарушения таможенных правил, вошедших в проект Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях, исключен также ряд норм и положений, регулируемых Уголовным кодексом Российской Федерации (преступления в сфере таможенного дела). Исключены нормы, относящиеся к службе в таможенных органах, нашедшие отражение в Федеральном законе "О службе в таможенных органах Российской Федерации". Все это позволило вернуть содержание Кодекса к его основному назначению - регулированию таможенного дела в России.
Предусмотрено более полное обеспечение защиты прав законопослушных экспортеров и импортеров, в частности, восстановлен порядок обжалования решений и действий таможенных органов, предусмотренный законодательством Российской Федерации.
Включены в функции таможенных органов развернутые положения и правовые нормы по защите интеллектуальной собственности.
Основные положения, используемые в Кодексе, приведены в соответствии со стандартами и нормами ВТО, а также с основополагающими законодательными актами Российской Федерации.