Обобщены современные подходы к организации учетного, аналитического и контрольного обеспечения управления инновационным развитием. Обосновано использование принципов бизнес-анализа при определении направлений инновационного развития, формировании учетного отражения инновационной активности, контроле реального выполнения инновационных проектов и оценке их фактической эффективности. Разработаны методические рекомендации по аналитическому обоснованию и оценке реализации инновационных проектов, по учету и отражению в отчетности инновационной деятельности экономических субъектов, по контрольному обеспечению инновационного развития. Предложены изменения в федеральное законодательство, касающиеся правового регулирования системы учетно-аналитического и контрольного обеспечения управления инновационным развитием экономических субъектов. Основные положения, выводы и рекомендации могут быть использованы в практической деятельности органов власти, отечественных коммерческих организаций реального сектора экономики и аудиторских компаний, в учебной работе вузов, систем повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов отраслей народного хозяйства.