Функциональные возможности информационных систем электронной коммерции (ИС ЭК) являются неоспоримым конкурентным преимуществом любой компании, работающей в рамках электронной коммерции. В статье ИС ЭК рассматриваются как многоуровневые сложные системы с различными типами элементов, с описанием содержания каждого из уровней и элементов. На основе предлагаемой в статье декомпозиции возможно осуществлять как стратегическое, так и оперативное управление системами электронной коммерции и интегрировать управление в общекорпоративное на основе рассмотренного множества показателей.