Для профилактики флавивирусных инфекций в мире используют преимущественно инактивированные вакцины. В настоящее время в России разрешены 6 вакцин против клещевого энцефалита, полученных инактивацией формалином вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) из фибробластов куриных эмбрионов. Вакцины на основе сибирского типа ВКЭ, доминирующего в большинстве эндемичных областях России, отсутствуют. Средний охват населения эндемичных областей России вакцинацией против клещевого энцефалита около 5%. Длительная трехразовая иммунизация и необходимость ревакцинации каждые 3 года обуславливают поиск новых способов профилактики. Генная иммунизация мышей плазмидными ДНК с клонированными генами prM, Е и NS1 ВКЭ под контролем промоторов, узнаваемых эукариотическими РНК-полимеразами, обеспечивала защиту только от гомологичного штамма вируса. ДНК-вакцины оказались нестабильными в эукариотических клетках и способными к интеграции в клеточные хромосомы. Введение вирусных полноразмерных геномных РНК, но не генов Е и NS1 также приводило к протекции от вирусной инфекции. Рекомбинантные бактерии и множественные антигенные пептиды индуцировали вирус- специфические антитела.