Родился в 1949 году в Киото. Потом его семья переехала в Кобе - крупный японский морской порт. Тогда же у него пробудился интерес к зарубежной литературе. В студенческие годы принимал участие в антивоенном движении, выступал против войны во Вьетнаме. Мураками успешно окончил университет Васэда, где учился на литературном отделении, и получил степень по современной драматургии. В апреле 1974 года ему пришло в голову написать свой первый роман - "Услышь, как поет ветер". Роман был опубликован в 1979 году и удостоился национальной литературной премии для начинающих авторов. Эта книга вместе с романами "Пинбол-73" и "Охота на овец" составила "Трилогию крысы".
Мураками любит путешествия, а проведя три года в Греции и Италии, он приехал в США иобосновался в Принстоне, где преподает в местном университете.